La modalità Grande Tempio corrisponde alla modalità "Story" tradizionale, ovvero segue una trama fissa, facendo affrontare al giocatore i nemici in un ordine prestabilito. In questo caso, la storia è ovviamente quella del Grande Tempio, e lo scopo è attraversare le dodici case, sconfiggendo i vari cavalieri d'oro e infine Arles in una serie di 1 vs 1. In questa modalità guidiamo a turno i cinque protagonisti, facendo affrontare a ciascuno i nemici con cui combatte nella serie, e non possiamo cambiare il personaggio che abbiamo in mano. Ogni cavaliere d'oro che viene sconfitto poi diventa disponibile per le altre modalità del gioco.

La modalità inizia alla prima casa, con Mur che fa un breve tutorial su come combattere, poi si prende il controllo di Pegasus per la casa del Toro, di Andromeda per quella di Gemini, di Cristal per il primo duello con Acquarius, che è comunque necessario vincere nonostante l'epilogo non cambi, di Sirio per Cancer, di Pegasus per Ioria ecc, fino ad Arles, che viene affrontato prima con Pegasus, poi con Phoenix ed alla fine di nuovo con Pegasus. Alla settima ed alla nona casa non ci sono combattimenti, e tutto procede in automatico per la liberazione di Cristal e la lettura del testamento di Micene. Prima e dopo ogni combattimento c'è una ricostruzione in 3D degli eventi della serie, fatta molto accuratamente, anche se in vari momenti, pur mostrando sostanzialmente le immagini dell'anime, viene ripreso il manga. Una menzione speciale va alla sesta casa, in cui, quando Virgo descrive i sei mondi di Ade, vengono mostrati proprio i fotogrammi del 57° episodio.

I combattimenti sono a difficoltà crescente, Toro è molto semplice da vincere, mentre da Ioria in avanti le cose si complicano non poco, specie con Capricorn ed Arles. Se si viene sconfitti con un normale KO ci si può rialzare due o tre volte e riprendere il duello in corso, mentre se si viene sconfitti con un attacco Big Bang si ha solo la possibilità di cominciare daccapo l'intero combattimento. Alla fine di ogni scontro vinto si ricevono dei voti per Attacco, Difesa e Valore, che dipendono dallo stile di combattimento usato, dalle parate eseguite, dagli attacchi Big Bang lanciati ecc. In base alla media dei voti si ottiene un rango, da soldato ad oro. Se si ottiene almeno il rango argento, si sblocca un minilivello segreto, tra una casa e l'altra, in cui dobbiamo affrontare vari gruppi di soldati con poco tempo a disposizione. Se si riesce a sconfiggerli tutti, o almeno i capigruppo (tenenti, comandanti ecc) entro il tempo limite, si ottiene di mantenere il cosmo che si è appena accumulato nello scontro con il successivo cavaliere d'oro, il che aiuta molto per eseguire in fretta gli attacchi in-game e Big Bang, e soprattutto si sbloccano alcuni segreti della modalità "Vacanza Zodiacale", solitamente brani della colonna sonora. Ovviamente, più si va avanti tra le 12 case e più il tempo diminuisce ed i soldati diventano forti.

Normalmente ogni cavaliere d'oro va affrontato una volta sola, e non può riprendersi dopo un KO, ma Ioria ed Arles, nell'ultimo scontro, sono delle eccezioni e continueranno a rialzarsi finchè non li si è sconfitti almeno tre volte o usando un attacco Big Bang. Purtroppo, in tutti i combattimenti i cavalieri indossano le armature in perfette condizioni, senza i danni o le crepe visti nell'anime, anche se alla decima casa Sirio combatte senza corazza, cosa che lo rende più vulnerabile ma aumenta la sua forza di attacco.

Dopo aver terminato una prima volta la modalità, abbiamo la possibilità di giocarla di nuovo, e stavolta ci compaiono quattro bivi. Dopo la prima casa, anzichè affrontare Toro con Pegasus, possiamo far combattere Mur contro Cancer, venuto alla prima casa per punirlo, e dopo aver vinto ci troviamo direttamente alla quarta casa con Sirio, avendo quindi saltato Toro, Gemini ed il primo duello con Acquarius. In questo modo inoltre si sblocca Castalia, che diventa disponibile per le altre modalità. Alla quinta casa, possiamo combattere con Pegasus contro Phoenix, posseduto da Arles, oppure affrontare di nuovo Ioria, nel qual caso si sblocca Tisifone. Alla settima casa possiamo optare per un combattimento di Sirio contro Libra (giovane) che lo mette alla prova prima di fargli usare l'armatura della Bilancia, e vincendo diventa disponibile. Infine, alla nona casa possiamo ottenere Pegasus Sagitter facendolo combattere contro una sua copia nera. Da notare che, a parte quella con Phoenix posseduto, un pò campata in aria, queste trame alternative sono costruite molto bene, con tanto di commenti finali dei protagonisti, tipo Pegasus che è un pò scosso dall'aver dovuto combattere contro se stesso, o Sirio che è insospettito dal cosmo familiare dell'uomo con indosso l'armatura di Libra, che non si è presentato.