Il menù opzioni, raggiungibile attraverso il menù principale, permette di personalizzare le opzioni base del gioco. E' un menù abbastanza semplice, come tipico dei giochi da combattimento, ed abbastanza intuitivo. I comandi a disposizione sono "opzioni", "salva/carica", "controller" e "suono". Il primo serve a scegliere il livello di difficoltà, tra facile, normale, difficile ed ardua, ed il tempo. Il livello di difficoltà è abbastanza importante perchè, specie all'inizio, conviene non andare oltre facile o normale. Le modalità "difficile" ed "ardua" sono molto faticose da affrontare, in quanto i colpi hanno meno effetto e l'avversario si muove più velocemente e colpisce più duramente. Modificare quest'opzione influisce su tutte le altre modalità di gioco, tranne ovviamente nell'uno contro uno con un altro giocatore che non sia la Playstation stessa. Il controllo del tempo, già accennato nel paragrafo su sfondi e schermate, permette di stabilire il tempo che si ha a disposizione per un combattimento. A differenza dell'opzione sul livello di difficoltà, il tempo può essere modificato esclusivamente per la modalità "Guerra Galattica", ovvero per i combattimenti uno vs uno contro PS2 o un altro avversario. Le opzioni sono 30, 40, 60 e 90 secondi, o infinito.

"Salva/carica", come suggerisce il nome, permette di salvare i dati sulla memory card o di caricarli. E' un'opzione abbastanza inutile, perchè la possibilità di salvare viene già data in molti casi durante il gioco, ed è addirittura automatica in altre, mentre il loading avviene automaticamente all'avvio. Poco più utile è la possibilità di personalizzare il controller, grazie alla quale si può attivare o disattivare la vibrazione e cambiare la funzione dei tasti. Ciò può essere utile se si è già abituati ad una certa combinazione di tasti, ma nel complesso non serve a molto perchè il controller, a differenza della tastiera del pc, ha solo una decina di pulsanti utili, tutti molto vicini tra loro. Il menù suono infine permette di passare da mono a stereo, di stabilire il volume di musiche di sottofondo, effetti sonori e voci, e di cambiare la lingua tra Giapponese e Francese. Per ragioni poco chiare infatti, la Atari Italia non ha fatto doppiare il gioco, ma ha riciclato i dialoghi originali Giapponesi e quelli Francesi. I primi nel complesso sono apprezzabili, perchè realizzati dai doppiatori storici dell'anime, mentre i secondi, che sono anche l'opzione predefinita quando si avvia il gioco, sono consigliabili solo a chi parla francese e vuole capire quel che viene detto. Ad ogni modo, tutti i dialoghi sono sottotitolati in varie lingue, tra cui l'Italiano, selezionabili all'avvio del gioco. Nella versione Italiana, sono stati mantenuti fedelmente tutti i nomi classici, sia per i personaggi che per i colpi segreti, e dove possibile sono state addirittura riprese le frasi dell'anime.

Essendo un gioco per Playstation 2, "I Cavalieri dello Zodiaco - Il Santuario" si controlla interamente con il controller. Sui 17 pulsanti normali, 13 hanno delle funzioni, anche se solo 11 sono effettivamente utili in gioco. I tasti utili in gioco sono la levetta di sinistra, le quattro frecce, il tasto R1 (sul dorso del controller, a destra, chiamato anche tasto G), L1 (sul dorso, a sinistra), D (tasto D), O (tasto S), X (tasto H) e ÿ (tasto L). Gli altri due tasti utilizzabili sono "start" e "analog".

La levetta di sinistra e le quattro frecce hanno esattamente la stessa funzione: permettono di scorrere i menù e le opzioni, e di far muovere il proprio personaggio in combattimento. Bisogna notare che la freccia alta e quella bassa non fanno saltare o abbassare il personaggio, ma lo fanno muovere alla sua destra o sinistra, ovvero avvicinandosi o allontanandosi dal giocatore. Le frecce permettono movimenti un pò più controllati, specie nei menù, ma nel complesso i risultati sono gli stessi. La levetta può essere usata anche per riprendersi dopo un KO, come è spiegato nel paragrafo sui combattimenti.

Il tasto L1, in alto a sinistra, funziona solo quando si combatte contro i soldati nella modalità 12 case. Quando si combatte contro più nemici infatti, permette di scegliere quello da colpire, cosicchè il cavaliere si diriga automaticamente verso di lui. Questo comando è abbastanza utile perchè nell'affrontare i soldati è indispensabile sconfiggere il loro capo, cosa quasi impossibile se non lo si seleziona prima. Il cavaliere infatti tende ad ignorare tutti i nemici tranne quello selezionato, finchè quest'ultimo non è stato sconfitto e la selezione non passa automaticamente ad un altro. Il personaggio selezionato è contrassegnato da una freccia gialla.

Il tasto Start fa passare dalla schermata principale al menù di avvio del gioco, ma serve anche a mettere in pausa durante un combattimento. Fatto ciò, ci si può arrendere e tornare ai menù oppure riprendere il combattimento. Il tasto analog fa passare il controller alla modalità analogica, se quest'opzione è supportata.

I cinque tasti sulla destra del controller sono i più utili durante i combattimenti, ed hanno anche varie funzioni fuori dal gioco. Il tasto G (R1) è principalmente il tasto di guardia/parata, che permette di fermare gli attacchi avversari, sia normali che Big Bang, ovviamente a patto di non muoversi. Premuto insieme a ÿ o X, permette inoltre di effettuare una presa, ma non può essere usato negli attacchi combinati. Premuto insieme ad O, sferra un colpo segreto "in game", consumando una leggera quantità di cosmo.

Il tasto D è principalmente il tasto di corsa. Premuto insieme ad uno dei tasti direzionali, o alla levetta, fa correre il personaggio avanti, indietro o lateralmente, con delle "scartate" molto utili per evitare un attacco nemico, che in questo modo va a vuoto. Premuto quando si viene colpiti, prima di cadere a terra, permette invece di effettuare una capriola all'indietro e rialzarsi con la guardia alzata, cosa molto utile in caso di attacchi nemici consecutivi. Inoltre, tenendolo premuto per correre contro il nemico, e spingendo O all'ultimo momento, si ottiene un attacco in corsa, solitamente una spallata o un calcio.

Il tasto ÿ è sostanzialmente il tasto degli attacchi deboli, di pugno o di calcio. Di per se, i singoli colpi non sono molto forti, ma possono essere usati per realizzare dei combo. Premendo il tasto tra le tre e le cinque volte consecutive, a seconda dei personaggi, si effettua infatti la prima delle tre combo disponibili per ciascun cavaliere. Inoltre, premendo il tasto due volte, e continuando con un certo numero di X, si attiva la seconda combo. A parte questo, il tasto può essere usato anche per accumulare il cosmo, tenendolo premuto e restando immobili senza venire colpiti. Se si ha un cosmo di livello II o superiore, premere questo pulsante ed X insieme causa un'esplosione di energia, che consuma interamente il cosmo.

Il tasto X è quello degli attacchi forti, e, premuto ripetutamente, della combo più potente. In alcune occasioni, questa combo, se portata a termine, riesce persino a sfondare la difesa del nemico. Normalmente, i colpi sferrati con X sono abbastanza forti da far vincere un combattimento in breve tempo, e sono una valida alternativa ai colpi segreti se si è esaurito il cosmo, o se lo si vuole risparmiare. Premuto insieme ad R1, questo tasto permette di effettuare una presa, e premuto a lungo da solo fa accumulare il cosmo. Fuori dai combattimenti, nei menù, questo è il tasto di selezione o conferma.

Il tasto O è principalmente il tasto degli attacchi con cosmo, sia in game che Big Bang. La sua particolarità è che molti attacchi hanno effetti diversi a seconda della quantità di cosmo che si possiede. Se il cosmo è a livello I, il colpo è di solito debole o ravvicinato, se è a livello II o III è più potente o a distanza. Ci sono solitamente quattro colpi in game che possono essere sferrati con questo pulsante: premendolo da solo si ottiene il primo, e più debole; premendolo in corsa insieme a D , fa sferrare un colpo segreto di sfondamento; premendolo insieme alla freccia della direzione in cui si guarda, o premendolo ripetutamente, a seconda dei personaggi, causa un colpo esplosivo, un colpo a distanza o una scarica a ripetizione; premendolo insieme ad X infine, sferra il colpo segreto di base del personaggio, che può essere difensivo, a distanza o a spirale. Di queste quattro combinazioni, solo le prime due non consumano cosmo. La terza ne consuma in piccola quantità, mentre la quarta ne consuma abbastanza, al punto che, usata tre o quattro volte consecutive, rischia di svuotare la barra cosmo. Se si ha il cosmo di livello III, tener premuto questo pulsante permette di accumulare l'energia per l'attacco Big Bang, e rilasciarlo permette di sferrare tale attacco. Quando si subisce un attacco Big Bang, verso metà dell'animazione, per un attimo compare sullo schermo l'immagine di questo pulsante. Premendolo entro pochi attimi, si ha la possibilità di ribattere il colpo segreto.