Il gioco "I Cavalieri dello Zodiaco - Il Santuario" ha 16 sfondi di gioco diversi. I primi 13 corrispondono alle dodici case del Grande Tempio ed alle Sale del Sacerdote, gli altri tre sono inizialmente segreti da sbloccare, e sono la Valle di Ade, l'arena del Palazzo dei Tornei ed una 14° casa dell'Ofiuco che appare in un livello bonus. I primi 13 sfondi possono essere usati anche nella modalità di allenamento 1 vs 1, mentre il 14° compare solo accedendo al livello bonus. C'è da notare che le 12 case sono state riprodotte, sia internamente che esternamente, in un modo del tutto nuovo, che spesso ha poco o niente a che fare con quello dell'anime o del manga. La dodicesima casa di Fish ad esempio ha sullo sfondo cristalli ed una specie di cascata, mentre la quinta casa di Leo e l'ottava di Scorpio sono raffigurate come rovine esterne e non come l'interno di un tempio. Ciononostante, quasi tutte le case hanno un elemento di riconoscimento, come il testamento di Micene sullo sfondo della nona o una bilancia sullo sfondo della settima. Oltre a questi sfondi, ce ne sono altri che rappresentano le scalinate tra una casa e l'altra, in cui si affrontano i soldati nei livelli bonus. Con l'eccezione di quello che precede la sesta casa, che sembra un giardino, questi sfondi sono tutti abbastanza simili, generalmente composti da varie rampe di scale con alcuni spiazzi in mezzo. Una particolarità è lo sfondo che precede la tredicesima casa, ricoperto di rose rosse come da tradizione della serie.

Gli sfondi sono completamente tridimensionali, cosa che permette ai personaggi di muoversi non solo avanti, indietro ed in alto, ma anche a destra e sinistra. In base alla posizione dei personaggi, la telecamera si adatta, facendo ruotare lo sfondo e presentandoli sempre di fronte al giocatore. Inoltre, gli sfondi sono interattivi, anche se solo indirettamente. In altre parole, è impossibile sollevare o muovere qualcosa, ma, se si viene lanciati, o se si lancia il nemico, contro una colonna, quest'ultima crolla sollevando una nuvola di polvere. Stesso discorso per alcuni colpi segreti andati a vuoto, o a segno vicino ad una parete. Meno interattivo è il pavimento, che, pur andando apparentemente in frantumi in alcune occasioni, è di nuovo intatto appena la polvere si dirada. Gli sfondi sono discretamente larghi, e bastano quattro o cinque secondi per correre da una parte all'altra.

Sovrapposti allo sfondo, sono gli elementi principali della schermata di gioco, sempre composti da due barre ed un timer in alto, e due barre in basso. Questo tipo di schermata è quella tipica dei videogiochi da combattimento, ed infatti le due barre in alto sono le barre di salute, che raffigurano il nome del personaggio e la vita rimasta. All'inizio la barra è blu, poi, ad ogni colpo subito, si tinge di rosso e si svuota, fino alla morte. Nel corso del gioco, non è possibile riguadagnare salute a combattimento in corso, ma in alcune occasioni, nella modalità Grande Sacerdote, prima dell'inizio del duello si ottiene un bonus aggiuntivo. Quando questo accade, parte della barra si tinge di rosa, dando a intendere che la zona di questo colore è, per così dire, piena due volte. Dopo aver subito i primi colpi infatti, la parte rosa diminuisce, fino a sparire lasciando sotto di se la barra normale, ancora piena. Sotto la barra salute, accanto al nome, c'è uno spazio vuoto, in cui, nella modalità Grande Sacerdote, vengono inseriti i simboli dei bonus guardiani che si possiede. Quando si effettuano dei combo (attacchi concatenati), accanto alla barra compare il simbolo di una galassia, che diventa sempre più grande man mano che si mandano a segno i colpi. Esaurito il combo, la galassia scompare. Nella modalità Guerra Galattica, sotto la barra di salute compare anche un piccolo simbolo ad indicare il numero di vittorie consecutive ottenute. Sempre sotto la barra di salute, è indicato il numero di KO dai quali ci si è ripresi nel combattimento in corso.

Tra le due barre di salute c'è il cerchio con il timer, che fa il conto alla rovescia fino alla fine del duello. Il timer appare solo nelle modalità Guerra Galattica e Grande Sacerdote, e nei livelli bonus sulle scale delle Dodici Case, mentre è sostituito dal simbolo dell'infinito (¥ ) negli scontri contro i cavalieri d'oro nella suddetta modalità Dodici Case. La durata del timer, espressa in secondi, può essere modificata dal pannello opzioni, anche se il cambiamento vale solo per la modalità Guerra Galattica. Le opzioni possibili sono 30, 40, 60 e 90 secondi, o infinito. Il timer non è da sottovalutare perchè, se il tempo finisce prima che uno dei due avversari sia stato sconfitto, la vittoria va a quello che ha più salute e si è rialzato meno volte dopo un KO. Di conseguenza, tenerlo d'occhio può far scegliere tra una strategia più offensiva o difensiva a seconda dei casi.

In basso nella pagina c'è la barra cosmo, una barra, inizialmente vuota, divisa in tre settori, indicati con i numeri romani I, II e III. La barra si riempie man mano che si lanciano attacchi, specie combo, o che li si subisce, ed indica la quantità di cosmo a disposizione. Il cosmo è necessario per i colpi segreti "in game" e gli attacchi Big Bang, con la differenza che i primi possono essere lanciati praticamente sempre, anche se a bassa intensità, mentre per i secondi servono altre condizioni. La barra di cosmo si riempie più velocemente man mano che la partita prosegue e si è lanciato/subiti più attacchi, anche se si può accellerare la ricarica premendo il tasto ÿ nel corso del combattimento. Quando si raggiunge il settimo senso, la barra è perennemente caricata al massimo. Oltre ai colpi segreti ed agli attacchi Big Bang, si può svuotare la barra di cosmo facendo esplodere la propria energia, come descritto nel paragrafo sui combattimenti.

Quando il cosmo è pieno, o quasi pieno, sotto la barra ne appare un'altra, la barra Big Bang, che serve per sferrare i colpi più potenti. La barra Big Bang è divisa in due parti, una striscia orizzontale ed un cerchio con una, due o tre sfere all'interno. La striscia orizzontale indica l'accumulo di energia, ed avanza solo tenendo premuto il tasto O. A differenza della barra cosmo quindi, non cresce da sola mentre si combatte, ma solo se ci si ferma a concentrare l'energia. Fortunatamente, questo può essere fatto anche quando ci si difende, ma bisogna fare attenzione a non combattere, o essere atterrati, mentre si accumula l'energia. In questo caso infatti la barra si svuota e si deve ricominciare daccapo. Quando la barra è piena, la prima sfera nel cerchio si illumina, e questo vuol dire che si può lanciare un attacco Big Bang. Ad ogni sfera corrisponde un colpo segreto, di solito il primo è il più debole, l'ultimo il più potente, anche se alcuni personaggi ne hanno uno solo a disposizione. Per riempire più di una sfera, bisogna continuare ad accumulare l'energia, sempre senza muoversi, combattere o venire atterrati, nel qual caso le sfere riempite si svuotano e si deve ricominciare. Quando nel cerchio ci sono due o, soprattutto, tre sfere, la prima si riempie molto velocemente, per la seconda di vuole più tempo e per la terza l'accumulo richiede vari secondi, durante i quali si è vulnerabili. Dopo aver sferrato l'attacco Big Bang, la barra cosmo si svuota e la barra Big Bang scompare, indipendentemente dal successo o meno del colpo. Se si è raggiunto il settimo senso, la barra cosmo resta invece piena.