Nel numero doppio 5 e 6 di Weekly Shonen Jump del 22/01/1989, uscito in Giappone il 03/01/1989, viene pubblicato il capitolo 154 del manga, corrispondente alla prima parte del capitolo 67 edizione a volume, dal titolo "L'ultima arma!". Pegasus cerca di abbattere la Colonna Portante mentre Phoenix scopre il segreto dell'anfora di Atena. Kurumada è in copertina vestito da eroe spaziale insieme agli altri autori della rivista.

Nel numero 7 di Weekly Shonen Jump del 29/01/1989, uscito in Giappone il 10/01/1989, viene pubblicato il capitolo 155 del manga, corrispondente alla seconda parte del capitolo 67 edizione a volume, dal titolo "Frantumare gli atomi!!". Pegasus convince Sirio e Cristal a lanciarlo contro la Colonna Portante mentre Phoenix raggiunge gli amici al tempio di Nettuno.

Sabato 14/01/1989 esce il centoseiesimo episodio dell'anime, in cui Sirio sconfigge Krisaore mentre Cristal e Pegasus si imbattono nelle illusioni di Lemuri. L'episodio corrisponde ai capitoli 131-134 del manga, usciti appena quattro mesi prima, ad Agosto.

Il giorno dopo, domenica 15/01/1989, esce il Volume numero 14 de "I Cavalieri dello Zodiaco" contenente quattro capitoli, ottenuti dalla fusione di quelli pubblicati su Shonen Jump: 113-121 diventano così 48-51. I titoli sono "Il tempio nel fondo del mare", "Melodia mortale", "L'incoronazione! Poseidone, il Dio dei Mari!" e "Rinascita! I nuovi Cloth!". E' il primo volume della serie di Nettuno.

Nel numero 8 di Weekly Shonen Jump del 06/02/1989, uscito in Giappone il 17/01/1989, viene pubblicato il capitolo 156 del manga, corrispondente alla terza parte del capitolo 67 edizione a volume, dal titolo "Crolla! La Colonna Portante!". Pegasus riesce a salvare Atena distruggendo il sostegno principale del regno di Nettuno. Isabel solleva l'Anfora di Atena contro Nettuno. Il capitolo avverte che la saga di Nettuno sta per terminare.

Sabato 21/01/1989 esce il centosettesimo episodio dell'anime, in cui Lemuri sconfigge Andromeda, ma si ritrova a tu per tu con la collera di Phoenix ed alla fine viene ucciso. L'episodio corrisponde ai capitoli 135-137 del manga.

Nel numero 9 di Weekly Shonen Jump del 13/02/1989, uscito in Giappone il 24/01/1989, viene pubblicato il capitolo 157 del manga, corrispondente all'intero capitolo 68 edizione a volume, dal titolo "La fine delle onde tempestose". Isabel sconfigge Nettuno imprigionandone di nuovo lo spirito. Julian, sopravvissuto insieme a Syria a prezzo della vita di Titis, decide di devolvere la sua fortuna per aiutare le vittime dell'alluvione. È l'ultimo capitolo della serie di Nettuno.

Nel numero 10 di Weekly Shonen Jump del 20/02/1989, uscito in Giappone il 31/01/1989, viene pubblicato il capitolo 158 del manga, corrispondente alla prima parte del capitolo 69 edizione a volume, dal titolo "L'ombra di Hades, l'Imperatore delle Tenebre… ?!". Libra avverte il risveglio delle Stelle Demoniache ed al Grande Tempio una figura incappucciata compare dinanzi a Mur. Questo è il primo capitolo della saga conclusiva dei Cavalieri, dedicata ad Hades.

Nel numero 11 di Weekly Shonen Jump del 27/02/1989, uscito in Giappone il 07/02/1989, viene pubblicato il capitolo 159 del manga, corrispondente alla seconda parte del capitolo 69 edizione a volume, dal titolo "Colui che ritorna dalle tenebre… !!". Mur si ritrova di fronte a Cancer e Fish ed esita ad affrontarli. Pegasus raggiunge la prima casa. Dopo il capitolo, in una note Kurumada annuncia l'uscita di un nuovo film in Primavera: si tratta dell'OAV di Lucifero.

Dopo un mese di sosta forzata, sabato 11/02/1989 esce il centottesimo episodio dell'anime, in cui Cristal ritrova Abadir e ricorda il proprio passato. L'episodio corrisponde più o meno ai capitoli 138-139 del manga. Nella versione originale, le immagini dell'addestramento di Cristal e Abadir sono accompagnate dalla canzone tematica Diamond Dust, che poi fu rimossa negli adattamenti stranieri.

Sabato 18/02/1989 esce il centonovesimo episodio dell'anime, in cui Kiki resiste ad Abadir abbastanza a lungo da dare a Cristal la forza di reagire. L'episodio corrisponde più o meno ai capitoli 140-142 del manga, ed alla fine Phoenix si imbatte in Dragone del Mare. Il riassunto dell'episodio successivo mostra una scena tagliata in questa puntata, in cui dopo la vittoria Cristal sviene per le ferite.

Nel numero 12 di Weekly Shonen Jump del 06/03/1989, uscito in Giappone il 21/02/1989, viene pubblicato il capitolo 160 del manga, corrispondente alla prima parte del capitolo 70 edizione a volume, dal titolo "Per Atena… !!". Sirio e Andromeda avvertono la crisi in corso ma ricevono ordine di non andare al Grande Tempio. Pegasus, dopo un breve scontro con Cancer, viene colpito a sorpresa da Mur. Il capitolo, interamente in mezzatinta, si apre con una pagina a colori che mostra le cinque V2 a forma di totem, coperte di crepe e danni. Questa pagina fu poi rimossa nell'edizione a colori.

Lo stesso giorno, il il 21/02/1989, esce il CD Piano Fantasia, prodotto come sempre dalla Nippon Columbia e contenente varie canzoni vocali principalmente sulla serie di Asgard.

Sabato 25/02/1989 esce il centodecimo episodio dell'anime, in cui Phoenix viene sconfitto da Dragone del Mare mentre Andromeda ritrova Syria, che si credeva morto dopo il duello con Orion. L'episodio, a parte qualche aggiunta per spiegare il ritorno di Syria, corrisponde più o meno ai capitoli 142-144 del manga.

Nel numero 13 di Weekly Shonen Jump del 13/03/1989, uscito in Giappone il 28/02/1989, viene pubblicato il capitolo 161 del manga, corrispondente alla seconda parte del capitolo 70 edizione a volume, dal titolo "Salite al cielo! Cavalieri d'Oro… !!". Mur fa scomparire Pegasus ma decide di affrontare seriamente Cancer e Fish, annientandoli con la Starlight Extinction. La copertina del numero festeggia le 1050 uscite e include i protagonisti di molti manga di Shonen Jump, tra cui Pegasus in armatura di Sagitter. Questo capitolo annuncia inoltre l'uscita del gioco Jump Hero Retsuden per Famicon.

Nel numero 14 di Weekly Shonen Jump del 20/03/1989, uscito in Giappone il 07/03/1989, viene pubblicato il capitolo 162 del manga, corrispondente alla terza parte del capitolo 70 edizione a volume, dal titolo "Riunione dopo 243 anni… !!". Mur si trova di fronte Gemini, Capricorn e Acquarius. Sion si rivela, ma l'arrivo di Doko gli impedisce di uccidere l'Ariete.

Sabato 11/03/1989 esce il centoundicesimo episodio dell'anime, in cui Andromeda usa la Nebulosa contro Syria, mentre Pegasus, Sirio e Cristal rischiano la vita contro Nettuno fino all'arrivo dell'armatura di Sagitter. L'episodio corrisponde più o meno ai capitoli 145-147 del manga, con alcune scene aggiunte ex novo. Le continue pause dell'anime erano verosimilmente dovute alla vicinanza con il manga, considerando i tempi di produzione molto maggiori della serie animata.

Nel numero 15 di Weekly Shonen Jump del 27/03/1989, uscito in Giappone il 14/03/1989, viene pubblicato il capitolo 163 del manga, corrispondente alla prima parte del capitolo 71 edizione a volume, dal titolo "Il limite del mondo delle tenebre… !!". Rhadamantis si sbarazza di Cancer e Fish mentre Mur, raggiunta la casa del Toro, si imbatte in Niobe di Deep.

Il giorno dopo, domenica 15/01/1989, esce il Volume numero 15 de "I Cavalieri dello Zodiaco" contenente quattro capitoli, ottenuti dalla fusione di quelli pubblicati su Shonen Jump: 122-130 diventano così 52-55. I titoli sono "Il Bronze Cloth d'oro", "Battaglia mortale! La Colonna dell'Oceano Pacifico Meridionale", "Catene d'oro!" e "La lancia d'oro contro la sacra spada Excalibur!".

Il 18/03/1989 esce nei cinema il quarto film dell'anime, nonchè l'ultimo della serie, dal titolo "Saint Seiya, i guerrieri dell'Armageddon". Pegasus ed i cavalieri devono affrontare Lucifero ed i suoi Angeli nell'unico film non basato sulla mitologia classica o nordica e non disegnato da Araki. L'autore dei disegni è infatti Masahiro Naoi, già al lavoro su numerosi episodi della serie classica, il che permise ad Araki di occuparsi di più episodi della serie di Nettuno (4 su 14) rispetto all'unico della serie di Asgard.

Lo stesso giorno, sabato 18/03/1989 esce il centododicesimo episodio dell'anime, in cui viene svelato il mistero del passato di Kanon e Pegasus decide di tentare la freccia di Sagitter contro Nettuno. L'episodio corrisponde più o meno ai capitoli 147-148 e 150 del manga.

Nel numero 16 di Weekly Shonen Jump del 03/04/1989, uscito in Giappone il 21/03/1989, viene pubblicato il capitolo 164 del manga, corrispondente alla seconda parte del capitolo 71 edizione a volume, dal titolo "La flagranza della morte… !!". Mur affronta ed uccide Niobe.

Sabato 25/03/1989 esce il centotredicesimo episodio dell'anime, in cui Pegasus, grazie al coraggio degli amici, riesce a ferire Nettuno con la freccia di Sagitter. Il Dio si risveglia del tutto, ma Cristal e Sirio indossano le armature di Acquario e Bilancia. L'episodio corrisponde più o meno ai capitoli 149 e 151-153 del manga.

Nel numero 17 di Weekly Shonen Jump del 10/04/1989, uscito in Giappone il 28/03/1989, viene pubblicato il capitolo 165 del manga, corrispondente alla prima parte del capitolo 72 edizione a volume, dal titolo "L'onorabile cuore di Atena… !!". Alla terza casa, Gemini, Capricorn e Acquarius si trovano di fronte le illusioni dei Gemelli, opera di Kanon. Scorpio confronta l'uomo nelle stanze di Atena.

Sabato 01/04/1989 esce il centoquattordicesimo episodio dell'anime, in cui i Cavalieri sconfiggono Nettuno. Si tratta dell'ultimo episodio della serie animata per quasi 20 anni, in parte per un calo di ascolti, in parte per ragioni di produzione ed soprattutto per la quasi contemporaneità con il manga, che avrebbe richiesto la creazione di una nuova serie interamente filler. L'episodio corrisponde più o meno ai capitoli 149 e 154-157 del manga, con l'aggiunta di una scena finale che funge da epilogo.

Nel numero 18 di Weekly Shonen Jump del 17/04/1989, uscito in Giappone il 04/04/1989, viene pubblicato il capitolo 166 del manga, corrispondente alla seconda parte del capitolo 72 edizione a volume, dal titolo "Uno scontro scarlatto… !!". Scorpio mette alla prova Kanon, accettandolo alla fine come Cavaliere di Atena. All'interno, Kurumada annuncia l'imminente uscita dell'ultimo artbook Jump Gold Selection.

Lo stesso giorno, il 04/04/1989, esce appunto la Jump Gold Selection 3, dedicata soprattutto alle serie di Asgard e Nettuno e contenente anche i settei del terzo e quarto OAV, oltre a vari riassunti, interviste e retroscena. L'artbook è arricchito da illustrazioni inedite della coppia Araki/Himeno nonchè di una copertina apposita.

L'08/04/1989 esce l'ottavo CD con la colonna sonora (OST), prodotto dalla Columbia e contenente principalmente le musiche della serie dell'OAV di Lucifero, tutte composte e realizzate da Seiji Yokohama. È l'ultima vera produzione originale targata anime per oltre 20 anni.

Nel numero 19 di Weekly Shonen Jump del 24/04/1989, uscito in Giappone l'11/04/1989, viene pubblicato il capitolo 167 del manga, corrispondente alla prima parte del capitolo 73 edizione a volume, dal titolo "Sul palmo della mano del Buddha… !!". Gemini, Capricorn e Acquarius si imbattono nelle illusioni della Quarta Casa, scoprendo alla fine che sono opera di Virgo.

Nel numero 20 di Weekly Shonen Jump del 01/05/1989, uscito in Giappone il 18/04/1989, viene pubblicato il capitolo 168 del manga, corrispondente alla seconda parte del capitolo 73 edizione a volume, dal titolo "Per il maestro… !!". Gemini annulla le illusioni di Virgo, mentre Sirio compare al Grande Tempio per aiutare il maestro contro Sion. Dopo il capitolo, c'è una nota in cui Kurumada annuncia di star cercando nuovi assistenti.

Nel numero 21 di Weekly Shonen Jump del 08/05/1989, uscito in Giappone il 25/04/1989, viene pubblicato il capitolo 169 del manga, corrispondente alla prima parte del capitolo 74 edizione a volume, dal titolo "L'intervallo tra la vita e la morte… !!". Libra rimprovera Sion per la fasulla giovinezza che ha scelto di ottenere e rivela il Colpo dei Cento Draghi, senza però avere successo.

Nel numero 22 di Weekly Shonen Jump del 15/05/1989, uscito in Giappone il 02/05/1989, viene pubblicato il capitolo 170 del manga, corrispondente alla seconda parte del capitolo 74 edizione a volume, dal titolo "Compare! La costellazione della Bilancia!!". L'armatura di Libra compare in difesa di Doko e Sirio. Il Cavaliere della Bilancia torna miracolosamente all'aspetto giovane di un tempo.

Nel numero 23 di Weekly Shonen Jump del 22/05/1989, uscito in Giappone il 09/05/1989, viene pubblicato il capitolo 171 del manga, corrispondente alla terza parte del capitolo 74 edizione a volume, dal titolo "La tecnica della morte apparente…!!". Doko rivela il Misopethamenos, la tecnica del rallentamento cardiaco che gli ha permesso di vivere così a lungo. All'interno, Kurumada annuncia anche l'imminente uscita del prossimo volumetto.

Poco dopo infatti, il 15/01/1989, esce il Volume numero 16 de "I Cavalieri dello Zodiaco" contenente quattro capitoli, ottenuti dalla fusione di quelli pubblicati su Shonen Jump: 131-139 diventano così 56-59. I titoli sono "Colpire i Chakra!", "Cacciatore del cuore", "Vendetta furiosa" e "Isaac! Una vecchia amicizia congelata".

Nel numero 24 di Weekly Shonen Jump del 29/05/1989, uscito in Giappone il 16/05/1989, viene pubblicato il capitolo 172 del manga, corrispondente alla prima parte del capitolo 75 edizione a volume, dal titolo "Un'orribile creatura maligna…!!". Mur si imbatte in un gruppo di Spectre alla quarta casa ed inizia il suo duello con Papillon.

Nel numero 25 di Weekly Shonen Jump del 05/06/1989, uscito in Giappone il 23/05/1989, viene pubblicato il capitolo 173 del manga, corrispondente alla seconda parte del capitolo 76 edizione a volume, dal titolo "L'evoluzione finale…!!". Mur tiene testa a Papillon, che rivela la sua vera forma.

Nel numero 26 di Weekly Shonen Jump del 12/06/1989, uscito in Giappone il 30/05/1989, viene pubblicato il capitolo 174 del manga, corrispondente alla terza parte del capitolo 76 edizione a volume, dal titolo "L'ultima psicocinesi…!!". Mur deve affrontare il Fairy Thronging di Papillon.